RAPP

RAPP (2024 - 2027)

Identification de régions génétiques chez les espèces apparentées sauvages du pois résistantes au puceron du pois Acyrthosiphon pisum, par des approches de phénotypage digital et de génomique en lien avec la diversité génétique des pucerons

Responsable du projet 

Marc Galland (UMR Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes - IGEPP)

Partenariat

  • UMR Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes - IGEPP 
  • UMR Agroécologie
  • UMR Institut de Recherche en Informatique Systèmes Aléatoires - IRISA

Résumé

Favorisées à la fois par le réchauffement du climat et par les restrictions concernant les insecticides, le puceron est l’un des insectes ravageurs de légumineuses les plus problématiques. Les pucerons altèrent le développement de la plante et sont vecteurs de nombreuses maladies virales. Parmi ceux-ci, le puceron Acyrthosiphon pisum est l’un des principaux ravageurs qui limite la culture d’espèces comme le pois (Pisum sativum) qui possèdent de nombreux intérêts pour la transition vers une agriculture plus durable. L’identification du QTL ApRVII impliqué dans la résistance au puceron chez le pois cultivé constitue une avancée importante mais insuffisante. Des sources de résistance différentes de celles identifiées chez le pois cultivé ont été découvertes chez plusieurs génotypes d’espèces sauvages apparentées (P. fulvum et P. sativum ssp elatius) ce qui suggère l’existence d’une variabilité génétique exploitable pour l’amélioration.
L’objectif de ce projet vise à améliorer la résistance du pois cultivé au puceron en caractérisant les régions génétiques et leurs marqueurs chez les espèces sauvages apparentées. Cette cartographie permettra d’initier un programme de sélection assistée par marqueur afin d’introduire les gènes de résistance sauvages dans les variétés de pois cultivé. Le projet mettra en place un système de phénotypage à haut débit basée sur du Machine Learning supervisé pour caractériser l’interaction pois-puceron de manière reproductible et exhaustive. Ainsi, des descendances issues de croisements interspécifiques entre espèces sauvages et une variété cultivée seront générées, génotypées et pourront être phénotypées. Les régions du génome impliquées dans la résistance seront cartographiées par une approche d’analyse de liaison. Le spectre d’efficacité des résistances des meilleures lignées F6 sera évalué sur des populations du puceron A. pisum disponibles au sein du laboratoire. Ce projet participera à la transition vers une agriculture plus durable et diminuant les traitements pesticides. Il offrira des pistes tangibles pour améliorer génétiquement le pois qui est une espèce protéagineuse majeure pour la transition agroécologique.