Thématique : Stratégies et méthodes de sélection variétale pour l'adaptation multi-stress dans une contexte de changement climatique
Les PPC représentent une des activités principales de PlantAlliance et devront répondre à un ou plusieurs des enjeux identifiés dans la Feuille de route scientifique du consortium (Annexe 1) :
- Enjeu 1 : Réduire massivement l’usage des pesticides et autres intrants de synthèse
- Enjeu 2 : Offrir une meilleure résilience face aux aléas météorologiques et au changement climatique
- Enjeu 3 : Proposer une diversité de services écosystémiques
Dans ce cadre général, les thématiques prioritaires de cet AAP récurrent sont fixées annuellement par l'Assemblée Générale de PlantAlliance. En 2026, le choix est fait de focaliser l’AAP sur l’Enjeu 2 de l’adaptation des plantes au changement climatique en mettant un focus particulier sur la dimension multi-stress. Les approches mises en œuvre doivent obligatoirement relever du cœur de métier de PlantAlliance, c.-à-d. la biologie, la génétique et l’amélioration des plantes. Des projets combinant cœur de métier et interdisciplinarité (agronomie, écophysiologie, pathologie, science du sol, climatologie, statistiques/mathématiques, sciences du numérique/IA, socio-économie …) seront les bienvenus.
Sans que cela soit exhaustif, les projets pourront porter sur un ou plusieurs des items suivants :
Modélisation de stress multiples et caractérisation de (nouveaux) traits et idéotypes pour alimenter les programmes de sélection variétale
Le changement climatique soumet les plantes à des conditions de stress multiples (concomitants ou successifs, erratiques, parfois extrêmes) liés à des changements brutaux de température, de taux d’humidité, de rayonnement solaire, ou encore du fait de l’apparition de nouveaux bioagresseurs ou de pollutions. L’impact de ces stress multiples sur la physiologie et la croissance de la plante reste encore peu décrit notamment en ce qui concerne l’acclimatation des plantes aux stress multiples et la manière dont elles récupèrent suite aux évènements stressants.
Des projets portant sur le développement de méthodologies permettant de caractériser et modéliser l’impact des stress multiples pour rendre compte des phénotypes élargis à la plante entière (du métabolisme à la biomasse totale) et de la variabilité des réponses génotypiques pourront être proposés dans le cadre de cet AAP. Il pourra s’agir de méthodes d’étude et d’intégration des données à élaborer pour faire face à la multiplicité des combinaisons de stress possibles (réduction de l’espace des possibles ; optimisation des expérimentations en conditions contrôlées et sur le terrain). Les projets pourront mobiliser l’utilisation de capteurs de l’environnement et de méthodes permettant de caractériser le fonctionnement de la plante (‘sensors’ , multiomics, etc) à moyen ou haut débit. Le recours à des approches de modélisation GxE des effets des stress multiples sur le développement et la croissance des plantes sera apprécié (modèle de culture, modèle structure-fonction FSPM). Une attention particulière sera portée à la déclinaison de ces méthodologies pour le criblage de la diversité génétique et la mise en œuvre en sélection.
Ces projets pourront ainsi contribuer à l’exploration de (nouveaux) traits intégratifs permettant de rendre compte des différentes dimensions du potentiel d’acclimatation des plantes en situation de multi-stress (définition et mesure de paramètres de résilience, de robustesse, de stabilité ou plasticité, …). L’exploitation de ‘proxys’ issus de la modélisation ainsi que l’élaboration d’idéotypes de plantes plus stables par la prise en compte du phénotype élargi (par exemple architecture et fonctionnement racinaire, architecture aérienne, fonctionnement stomatique/hydraulique, identification de hubs métaboliques, synergie ou antagonisme entre traits, …) est l’un des enjeux de cette section. L’intégration de l’évolution de pratiques agricoles liée au changement climatique et à la transition agroécologique (préservation des sols, changement d’itinéraires techniques, mélanges variétaux, association d’espèces, inter-cultures, …) sera la bienvenue.
Mobilisation de la génétique des populations et de la génétique évolutive au service de la sélection pour l’adaptation
Des travaux récents montrent que les approches de modélisation relevant de la génétique des populations et de la génétique évolutive présentent un intérêt pour l’amélioration des plantes. Par exemple, la génomique du paysage (‘landscape genomics’) permet d’identifier des relations entre les facteurs environnementaux (sol, climat) et l’adaptation génétique des organismes en réponse à ces facteurs. Ce type d’approche permet de rechercher des associations génotype/environnement et de signatures génomiques d’adaptation locale qui proviennent, au-delà des processus génétiques neutres (dérive, flux de gènes), de processus adaptatifs suite à la sélection naturelle. Dans le cadre de cet AAP, des projets de génétique/génomique évolutive ou des populations visant par exemple à évaluer et prédire le niveau de (mal)adaptation (‘genomic offset’) des populations et génotypes d’une espèce végétale à différentes conditions environnementales présentes et futures sont attendus. En lien avec ces approches, les projets pourront viser la définition et l’identification de traits de ‘fitness’ et de loci adaptatifs vis-à-vis de paramètres pédoclimatiques définis. La caractérisation de la diversité des ressources génétiques (cultivées, apparentées sauvages) en matière d’adaptation environnementale locale sera appréciée, surtout si elle débouche sur l’intégration/introgression raisonnée de ces ressources génétiques et loci adaptatifs dans les programmes de pre-breeding.
Stratégies et méthodologies de sélection face aux nouvelles conditions climatiques
Le changement climatique et sa dimension aléatoire en matière d’évènements extrêmes poussent à reconsidérer les programmes de sélection sur un plan stratégique et méthodologique afin d’apporter des solutions adaptées dans les meilleurs délais. Dans ce cadre, des pistes pour élaborer un projet répondant à ces enjeux sont par exemple :
1. Intégrer les notions de risques et d’incertitudes dans la définition des objectifs de sélection et la planification des programmes d’amélioration. Un projet de recherche portant sur ces dimensions stratégiques et organisationnelles pourra être soumis à cet AAP, en particulier sur ce qui touche aux méthodologies de choix de sélection en situation d’incertitudes et à l’optimisation économique des stratégies mises en jeu.
2. Prendre en compte les capacités d’innovations techniques des agriculteurs. Un défi identifié est celui de la capacité d’intégration rapide, par les gestionnaires des programmes de sélection, des changements de pratiques agricoles mises en place par les agriculteurs pour faire face au changement climatique. Un projet de nature socio-technique, intégrant éventuellement des approches de modélisation, serait considéré avec intérêt dans cet AAP.
3. Mobiliser les sciences numériques. Cet AAP s’intéresse en particulier :
· au développement de jumeaux numériques des génotypes candidats à la sélection (ex. couplage de la sélection génomique et de modélisations écophysiologiques/des cultures, prédiction des valeurs génétiques dans de futurs environnements, …),
· à la mise en œuvre d’approches d’apprentissage profond (‘deep learning’) pour (i) l’optimisation des programmes de sélection, ou pour (ii) l’exploration de séquences génomiques et la priorisation de variants à cibler en sélection ou en édition génomique, dans le cadre de l’adaptation au changement climatique.
4. Mobiliser les solutions biotechnologiques permettant de construire puis tester de nouvelles combinaisons alléliques favorables. Cet AAP est ouvert à la mise en œuvre des nouveaux outils (édition des génomes, mutagenèses/Tilling, screening de fonctions sur cellules ou protoplastes, assemblages de gènes/allèles surexprimés ou KO, …) au service de l’adaptation multi-stress et de la résilience.
En résumé :
L’appel à projet 2026 a pour enjeu d’apporter des outils, des méthodes et des solutions techniques pour améliorer le potentiel d’acclimatation et d’adaptation des plantes cultivées au changement climatique.
Les projets proposés gagneront à s’appuyer sur des résultats/conclusions/perspectives de projets précédents ou en cours (européens ou nationaux).
Les projets pourront porter sur cultures pures, mélanges variétaux ou cultures en association, ainsi que sur plantes de service. Ils devront concerner exclusivement des espèces cultivées (tempérées ou tropicales), actuelles ou en développement ("orphelines") [Liste non-exhaustive en Annexe 1 - Espèces]. Les espèces modèles (Arabidopsis, …) sont exclues de cet AAP PlantAlliance.
Un paragraphe indiquant en quoi le projet proposé est original et adresse une question/un problème qui n’est pas adressé ailleurs sera demandé dans le cadre de cet AAP.
Par ailleurs, les porteurs de projet sont invités à indiquer explicitement si tout ou partie de leur projet fait l’objet d’un autre projet soumis/à soumettre à un autre appel à projets (type PEPR ou ANR), ceci pour éviter la redondance de financement.
Webinaire AAP PlantAlliance 2026 : jeudi 12 février 2026, de 10:00 à 12:00
Dans le cadre de l’AAP PlantAlliance 2026, les porteurs de projets potentiels (issus des membres publics) sont invités à présenter leurs idées de projet aux membres privés du consortium de manière à favoriser l’adéquation entre propositions et attentes, et promouvoir les collaborations publics-privés par co-construction. Les pré-projets seront présentés par les porteurs lors d’une série d’exposés courts, permettant d’initier des contacts directs ultérieurs entre porteurs et membres (publics, privés) intéressés. L’évènement s’adresse donc à la fois aux partenaires publics et privés de PlantAlliance.
Toute participation est encouragée mais ne constitue pas un prérequis pour être éligible à l’AAP.
Veuillez vous inscrire à l'aide du formulaire suivant avant le vendredi 06 février 2026 : Inscription webinaire AAP 2026
Sélection des projets
Les projets reçus seront évalués et classés par le Comité d’Orientation Stratégique (COS) de PlantAlliance en faisant appel à des experts. Les critères d'évaluation sont en ordre de priorité l'adéquation avec la thématique de l’appel à projets, le caractère innovant, la levée de verrous scientifiques et technologiques, la généricité, la formation de formation de jeunes (ingénieurs, universitaires ou chercheurs), la faisabilité sur la durée annoncée et la pertinence de la demande financière. Des considérations stratégiques de PlantAlliance rentrent également en jeu. Ce classement sera soumis à l'Assemblée Générale (AG) pour sélection. Le retour auprès des candidats sera effectué avant le 30 juin 2026.
Date limite de soumission des projets : 31 mars 2026, minuit.
La soumission des projets se fait directement auprès de Charles-Eric Durel charles-eric.durel@inrae.fr et Maxime Szambien maxime.szambien@inrae.fr.
Retrouvez la description complète de l'AAP 2026 (.pdf), les modalités de participation et les deux fichiers du déposant (.excel et .word) en téléchargeant les documents ci-dessous:
